Hệ thống điện của MT-03 là một điểm cộng rất lớn khi có thể sắp xếp gọn gàng dưới bình nhiên liệu. Nhờ đó đầu đèn xe có thể cố định trực tiếp vào chảng ba cho dải sáng linh hoạt hơn khi vào cua rẽ. Thay vì sở hữu ghi đông Clip-on, Yamaha MT03 sử dụng ghi đông có phần nhô cao giúp tư thế lái thoải mái hơn khi đi hành trình dài.
Bình xăng MT03 lên đến 14 lít với nhiều đường cắt gọt vào trong cho phép bình xăng thu gọn tiết diện và không gian tay lái rộng hơn, khi luồn lách trong phố.
Yamaha MT03 có 2 yên lái bao gồm: 1 yên chính và 1 yên phụ. Phần yên chính thì không có quá nhiều điều để nói. Nhưng phần yên phụ của mẫu xe này có phần qua loa khi phần yên khá mỏng và có thiết kế chống trượt hơi cao ở phía trước. Yên khá mỏng và thiếu phần êm ái khi đi qua các đoạn đường dằn xóc.
Hệ thống đèn LED được bố trí ở đèn pha trước và đèn đuôi xe. Đèn trước góc cạnh cá tính. Đèn sau với vị trí cao tăng khả năng nhận diện của xe khi nhìn từ sau. Đèn xi nhan dạng Tail-LED nằm trên chắn bùn có nhỏ nhắn so với với đèn hậu, nhưng nó lại hạn chế khả năng va quẹt rất nhiều.
Yamaha MT-03 sử dụng hệ thống phuộc ống lồng phía trước và giảm xóc lò xo trục đơn ở phía sau. Mặc dù chỉ sử dụng 2 loại phuộc phổ thông nhưng hành trình phuộc được điều chỉnh dài hơn cho khả năng phản hồi ở 2 bộ phuộc này được tăng lên đáng kể. Cụ thể hành trình phuộc trước tăng lên thành 130mm và phuộc sau là 45mm.
