Về cơ bản xe Mio đời mới vẫn giữ được thiết kế nhỏ gọn với phần đầu xe khá hầm hố. Bình xăng với dung tích chỉ 4,2 lít, trọng lượng xe khi đổ đầy bình cũng chỉ ở mức 94kg, khá nhẹ so với các mẫu xe tay ga hiện giờ. Với thiết kế này, chị em phụ nữ cũng có thể dễ dàng dắt xe và di chuyển cùng Mio M3 mà không gặp phải khó khăn gì.
Nổi bật nhất là cụm đèn phía trước có kích thước to bản trông như một chiếc mặt nạ. Xe được trang bị đèn chiếu sáng halogen truyền thống cùng cụm đèn xi-nhan nối liền với đèn định vị chạy thành hình cong bắt mắt.
Mặt đồng hồ công-tơ-mét dạng Analog này hiển thị đầy đủ các thông số kỹ thuật cần thiết cơ bản. Bên cạnh đó còn có thêm ô đèn ECO báo hiệu trạng thái xe hoạt động ở mức tiết kiệm nhiên liệu nhất.
Cốp chứa đồ có dung tích 10,1 lít khá tiện lợi để người dùng chứa 1 nón bảo hiểm nửa đầu và những vật dụng cá nhân cần thiết khác.
Về thiết kế đuôi xe, Yamaha Mio có thiết kế vuốt nhọn về phía sau tạo nên dáng vẻ trẻ trung cho toàn bộ chiếc xe. Tay nắm sau được thiết kế dạng chữ “M” cho cái nhìn rất lạ mắt. Trong khi đó, cụm đèn xi nhan hai bên được bố trí liền kề với đèn hậu tạo nên một tổng thể liền mạch cho chiếc xe.
